Sejarah dibangunnya masjid Jamkaran berkaitan langsung dengan Syaikh Hasan bin Matslah Jamkarani. Ia mengaku pernah bertemu dengan Imam Mahdi as, imam ke-12 kaum Syiah yang memerintahkannya membangun masjid tersebut.
Di kalangan Syiah sendiri banyak dibahas mengenai masalah bertemu dengan Imam Mahdi as itu. Sebagian ulama, berdasarkan riwayat-riwayat, membenarkan kemungkinan bertemu dengan beliau hanya dalam mimpi saja. Sebagian ulama berlandaskan surat yang pernah ditulis oleh Imam Mahdi as kepada penggantinya yang terakhir menyatakan bahwa manusia tidak mungkin bertemu dengan Imam Mahdi as dalam keadaan bangun/tidak tidur. Sebagian dari isi surat tersebut berbunyi:
“Ghaib yang sempurna (kubra) telah dimulai. Tidak akan nampak lagi (daku) setelah itu, kecuali dengan izin Allah… Tak lama lagi syiah-syiah kami mengaku pernah melihat kami, namun dengarlah, semua yang mengaku pernah bertemu denganku sebelum keluarnya Sufyani dan Teriakan Langit adalah pembohong…”
Meskipun demikian, sebagian ulama seperti Syaikh Abbas Qumi dalam Mafatihul Jinan dan Muhaddits Nuri dalam kitabnya, dengan menyebutkan sanad riwayat, pernah menukilkan cerita-cerita pertemuan sebagian orang dengan Imam Mahdi, dan dengan merujuk kepada sebagian riwayat mereka menganggap bertemu dengan beliau dalam keadaan bangun/tidak tidur adalah mungkin.
Alhasil masalah ini masih menjadi perdebatan para ulama hingga saat ini.
Hasan bin Matslah Jamkarani dalam riwayat yang masyhur yang kelihatannya adalah satu-satunya riwayat terpercaya berkenaan dengan dibangunnya masjid tersebut berkata:
“Aku di selasa malam tanggal 17 Ramadhan tahun 373 H. tidur di rumahku. Tiba-tiba sekumpulan orang datang ke rumahku dan membangunkanku dari tidur. Mereka berkata, “Bangunlah, jawablah pemimpinmu Al Mahdi yang sedang menginginkanmu.”
Mereka membawaku ke suatu tempat yang kini adalah masjid Jamkaran. Aku memperhatikan dengan serius, aku melihat ada tahta yang digelar di atasnya karpet indah, dan duduk di atasnya seorang pemuda berusia 30 tahun dan juga ada seorang lelaki tua duduk di sebelahnya. Orang tua itu adalah nabi Muhammad saw., beliau memerintahkanku untuk duduk. Imam Mahdi as memanggilku dengan namaku seraya berkata: “Pergilah ke Hasan Muslim (seorang petani di tanah ini) dan katakan kepadanya, tanah ini adalah tanah mulia dan Allah memilih tanah ini daripada tanah-tanah lainnya. Oleh karena itu kalian jangan bercocok tanam di tanah ini.”
Aku berkata padanya, “Wahai tuanku, aku memerlukan suatu bukti agar orang yang mendengar perkataanku mau percaya, karena kalau tidak mereka pasti tidak mau mendengar ucapanku.”
Beliau berkata, “Hanya pergilah dan lakukan perintahku itu. Aku akan memberikan tanda-tanda dan bukti itu. Dan juga, pergilah ke Sayid Abul Hasan (salah satu ulama di Qom) dan katakan padanya agar Hasan Muslim didatangkan dan memberikannya upah keuntungan beberapa tahun dari tanah pertanian itu. Dan dengan uang itu bangunlah sebuah masjid di tanah ini. Katakan kepada semua orang agar merindukan tempat ini dan memuliakannya, serta shalat empat rakaat (di dalam masjidnya).
Lalu imam berkata, “Barang siapa melakukan shalat dua rakaat di sini bagaikan shalat dua rakaat di Ka’bah.”
Aku berjalan. Namun tak jauh aku berjalan, kedua kalinya ia memanggilku dan berkata, “Belilah seekor domba dari domba-domba milik Ja’far Khashani. Semeblih domba itu di tanah ini dan infakkan dagingnya kepada semua orang yang sakit. Dengan izin Allah mereka akan sembuh.”
Hasan bin Matslah Jamkarani berkata, “Aku kembali ke rumah dan menghabiskan malamku untuk berfikir sampai subuh. Setelah shalat subuh aku pergi mendatangi Ali Al Mundzir dan menceritakan peristiwa itu. Lalu kami pergi ke tempat tersebut dan aku melihat ada rantai-rantai yang diletakkan sebagai tanda batas pembangunan masjid. Lalu kami pergi ke Qom mendatangi Sayid Abul Hasan Ridha.
Saat sampai di rumahnya, pembantunya bertanya padaku, “Apakah engkau dari Jamkaran?” Aku menjawab, “Ya.” Pembantu berkata, “Sayid telah menunggumu dari sebelum subuh.” Kami masuk ke dalam rumahnya dan ia begitu menyambutku dan berkata, “Wahai Hasan bin Matslah, aku bermimpi ada seorang yang berkata kepadaku: “Hasan bin Matslah dari Jamkaran akan datang kepadamu. Apapun yang ia katakan, benarkanlah perkataannya dan percayailah dia. Karena perkataannya adalah perkataan kami. Jangan tolak ucapannya.” Semenjak bangun tidur sampai sekarang aku menunggumu.
Setelah itu aku menceritakan peristiwa yang sebenarnya. Sayid segera memerintahkan agar kuda-kudanya disiapkan dan dibawa ke luar. Kami pun berangkat ke Jamkaran. Sesampai di dekat sebuah desa di Jamkaran, kami melihat domba-domba Ja’far Kashani. Aku mendatangi domba-domba itu. Salah satu dari domba-domba itu melihatku dan mendekatiku. Ja’far sendiri heran dan mengaku tidak pernah ada domba itu di antara domba-dombanya sebelumnya. Akhirnya aku membawa domba itu ke masjid dan menyembelihnya dan setiap orang yang sakit memakan dagingnya. Dengan izin Allah mereka sembuh dari penyakit masing-masing. Abul Hasan Ridha, memanggil Hasan Muslim untuk mengambil uang yang dipegangnya untuk membangun masjid. Ia menutupinya dengan kayu, lalu mengambil rantai-rantai dan paku-paku yang ada di situ untuk dibawa ke Qom, kemudian diletakkan di rumahnya. Setiap orang yang punya masalah atau sakit menyentuh rantai-rantai itu, Allah menyelesaikan masalah dan menyembuhkan mereka. Sepeninggal Sayid Abul Hasan, rantai-rantai tersebut juga hilang dan tidak terlihat lagi.”
Kebanyakan umat Syiah setiap malam rabu dalam seminggu, dan juga malam pertengahan bulan Sya’ban (hari lahirnya Imam Mahdi as) berkumpul di masjid itu dan melakukan amal ibadah seperti shalat tahiyah masjid dan shalat dua rakaat Istighatsah dengan Imam Mahdi, yang dikenal dengan Shalat Imam Mahdi dengan tata cara khusus.